Nhóm seminar Học máy và Tin sinh của Khoa CNTT kính mời thầy cô và học viên quan tâm đến dự Seminar của NCS. Nguyễn Thị Phương Thảo về xây dựng đồ thị di truyền.
Thời gian: 15h chiều Thứ Hai 20/04/2015.
Địa điểm: Phòng R&D 320 tầng 3 nhà E3 Đại học Công nghệ.
Tiêu đề: Xây dựng đồ thị tái tổ hợp di truyền cho dữ liệu lớn trên toàn hệ gen.
(Building ancestral recombination graph for whole genomes)
Tóm tắt:
Đồ thị tái tổ hợp di truyền (Ancestral Recombination Graph – ARG) đóng một vai trò quan trọng trong nghiên cứu di truyền quần thể và các bài toán liên quan đến tìm sự đa dạng trong hệ gen. Với một tập các chuỗi nhiễm sắc thể, đồ thị ARG mô tả lịch sử di truyền, mối quan hệ của chúng với nhau và với một tổ tiên chung (common ancestor) thông qua ba sự kiện: đột biến (mutation), tái tổ hợp (recombination) và kết hợp (coalescence). Trong nghiên cứu về bệnh dựa trên tập dữ liệu người bệnh và người không bệnh (case-control study), việc xây dựng đồ thị ARG giúp tìm được vị trí nhánh phân biệt rõ nhất giữa người bệnh và người không bệnh, từ đó xác định được vùng gen liên quan đến bệnh. Rất nhiều phương pháp khác nhau đã được đề xuất để xây dựng đồ thị ARG hợp lý nhất cho một tập trình tự đầu vào. Tuy nhiên, các phương pháp xây dựng ARG hiện thời chỉ áp dụng được với các tập dữ liệu nhỏ. Bài trình bày giới thiệu một thuật toán xây dựng đồ thị ARG cho dữ liệu lớn hàng nghìn mẫu trên toàn hệ gen. Các kết quả thực nghiệm trên các tập dữ liệu thật cho thấy thuật toán có khả năng ứng dụng trong các nghiên cứu về bệnh trên các tập dữ liệu lớn.
Thông tin về người trình bày:
NCS. Nguyễn Thị Phương Thảo đang công tác tại Viện CNTT, Viện Hàn lâm KH&CN Việt Nam. Hiện Nguyễn Thị Phương Thảo đang là nghiên cứu sinh năm thứ 2 chuyên ngành Khoa học máy tính, chủ đề nghiên cứu chính là các thuật toán phân tích dữ liệu hệ gen.